Cuộc xung đột kết thúc vào năm 1997, sau các cuộc đàm phán do New Zealand làm trung gian. Một thỏa thuận hòa bình được hoàn tất vào năm 2000 và giải trừ vũ khí tạo tiền đề cho việc thành lập chính phủ Bougainville tự trị, và cho một cuộc trưng cầu dân ý trong tương lai về việc có nên độc lập hay không.[3]

Cuộc bầu cử để thành lập chính phủ tự trị đã được tổ chức vào tháng 5 và tháng 6 năm 2005, Joseph Kabui được bầu làm Thống đốc. Ông qua đời vào ngày 6 tháng 6 năm 2008.

Ngày 25 tháng 7 năm 2005, lãnh đạo phiến quân Francis Ona đã chết vì bệnh tật. Một nhân viên trước đây của Bougainville Copper Limited, Ona, là một nhân vật chủ chốt trong cuộc xung đột ly khai đã từ chối chính thức tham gia tiến trình hòa bình.